Информация о наличии в опухоли числа копий генов и участков с потерей гетерозиготности, их протяженность и генный состав могут помочь врачу оценить или уточнить прогноз развития заболевания, а также принять решение о выборе оптимальной противоопухолевой терапии. Так, например, при наличии в опухолевых клетках молочной железы амплификаций гена ERBB2 (Her2/Neu) препаратом выбора может быть трастузумаб. Другим примером может служить амплификация гена MET при немелкоклеточном раке легкого, которая приводит к резистентности опухоли к препаратам-ингибиторам тирозинкиназы EGFR
